Tras la destrucción de un submarino empiezan a cobrar importancia las teorías del profesor mafune, un cientifico que hace 15 años dijo que todavia existía un dinosaurio vivo en el área donde se destruyo el laberinto, asi pues se intentara localizar a mafune el cual lleva años desaparecido ya que esta planeando vengarse de la tierra aliándose con unos alienigenas que pretenden conquistar el planeta.

Una profecía ancestral de Okinawa predice que un monstruo aparecerá a destruir el mundo pero será detenido por dos criaturas colosales. El hallazgo de una estatua en las cavernas de Okinawa indican que se trata de la llave para llamar a King Caesar, el guardián de la zona, y el único que puede detener la oleada de destrucción provocada por el recientemente aparecido Godzilla. Las señales de la profecía parecen cumplirse, pero un grupo de científicos comienza a descubrir pistas que indican que nada es lo que parece. Y ello se confirma cuando el verdadero Godzilla aparece en escena, desintegrando el camuflaje de la criatura que destruye las ciudades, y revelando ser un sosías robótico. Es MechaGodzilla, un ser cibernético construido por la raza alienígena del tercer planeta del Agujero Negro, que ha llegado a la Tierra con pretensiones de invadirla.